Este ensaio apresenta um relato e uma reflexão sobre a mudança institucional planejada na Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - EMBRAPA, organização pública federal de ciência e tecnologia, e os impactos desse processo sobre o exercício da gestão da inovação. Mais especificamente sobre fatos e fenômenos organizacionais do final da década de 80 (quando a Empresa construiu cenários para a pesquisa agropecuária), até hoje (quando a empresa avança a alteração do modelo de organização e divisão do trabalho interno e suas características quanto à integração das atividades e estrutura organizacional).A partir de certa busca bibliográfica, analisa e correlaciona algumas circunstâncias de intensas transformações sociais, políticas, econômicas e tecnológicas nas sociedades contemporâneas, que se estendem para as economias e se fazem presentes nos órgãos governamentais. E, no âmbito governamental, extrapolam a administração direta para impactar estratégias e estruturas em institutos de ciência e tecnologia. Assim analisando e correlacionando, busca contextualizar o objeto de discussão. Entre as mudanças aponta a sucessão de Governos federais e de gestões na própria Empresa; as políticas públicas federais; esgotamento dos modelos clássicos de organização e métodos; e transformações no perfil da demanda à qual a Organização deve responder.Considerando o quadro de macro-transformações, noticia sobre o processo de mudança no modelo de gestão da inovação, especificando os planos administrativo e de geração de tecnologia e também a construção de parcerias externas, sinalizando que este último aspecto é um objeto estratégico para a Organização. Falando nos desafios que as organizações de CT têm a enfrentar, o texto exemplifica com a produção de conhecimento dentro do processo de inovação tecnológica, alertando para as emergentes tendências da interdisciplinaridade e do trabalho interinsticional.Traça um paralelo entre a EMBRAPA e outras organizações públicas de ciência e tecnologia, apontando que muitas têm buscado princípios, sistemas e métodos de gestão empreendedora, mediante os quais concebem e operam processos de mudança institucional planejada, visando saltos de qualidade na geração da inovação e construção de parcerias.Nesta busca de modelos, assinala a gestão por processo como modo de organização do trabalho, favorecendo a formação de equipes, a multidisciplinaridade e a cooperação interinstitucional.Finaliza dizendo que, embora os dados e séries até agora produzidos não sejam suficientes para conclusões mais seguras sobre os efeitos da mudança do modelo de organização e divisão do trabalho, há evidências de que a Organização objeto de reflexão busca ser capaz de bem definir suas estratégias de resposta à demanda por inovação, organizar o trabalho, incluindo métodos e processo internos, para mobilizar competência em modos de construção do conhecimento e se articular com a Universidade, institutos de pesquisa e outros atores externos no processo de geração, transferência e validação da inovação. E que esse exercício já possibilitou resultados positivos em vários daqueles aspectos.

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